Gdy Lara Croft dowiaduje się o ucieczce Sam Nishimury ze szpitala psychiatrycznego, bez wahania rusza ją odnaleźć. Już przy pierwszym spotkaniu z Zakonem Trójcy przekonuje się, że przed nią trudne zadanie. Jednak archeolożka, prześladowana przez wspomnienia z Yamatai, nie poddaje się i zdeterminowana próbuje ocalić przyjaciółkę. Tymczasem widmo Himiko, Słonecznej Królowej, czyha i nie daje o sobie zapomnieć.