Ojciec Muchy był urzędnikiem sądowym. W 1871 r. Mucha rozpoczął naukę w gimnazjum, ale przed jej ukończeniem musiał wrócić do rodzinnej miejscowości i objąć stanowisko pisarza sądowego. Przygotowywał amatorskie przedstawienia teatralne, malował dekoracje i plakaty, projektował zaproszenia. Z tego okresu pochodzi jego pierwsza znana praca – pastela przedstawiająca Jana z Arku na stosie.

W roku 1879 bezskutecznie starał się wstąpić na Akademię Praską. Spędził dwa lata w Mnichu, gdzie zajmował się malowaniem fresków dla mecenasa. Rozpoczął pracę w pracowni Burghardt-Kautsky-Brioschi w Wiedniu, tworząc dekoracje teatralne. Gdy stracił posadę w Wiedniu, osiadł na krótko w Mikulowie, gdzie restaurował stare obrazy na zlecenie hrabiego Khuen-Belassiho, malował portrety i pejzaże. W latach 1885-1886 studiował na Akademii w Monachium. Potem wyjechał do Paryża i wstąpił na Akademię Julien.