Po przybyciu Autobotów i Decepticonów na Ziemię, tajemnicza organizacja znana jako Cobra rozpoczyna swoją drogę do władzy. Conrad Hauser, kryptonim: Duke, dowodzi oddziałem sił specjalnych znanym jako G.I. Joe, który ma stawić im czoła.
Ale co zrobi nowo utworzona grupa, gdy enigmatyczny Cobra Commander postanowi wykorzystać przerażającą moc Energonu przeciwko ludzkości?
Start nowej serii G.I. Joe w ramach Energon Universe reklamowany jest jako komiksowa premiera dekady. I nie ma w tym przesady. Zwłaszcza, że odpowiedzialni za całe zamieszanie Robert Kirkman i spółka udowodnili już w Transformers i Void Rivals, czyli innych seriach składających się na świat Energonu, że potrafią dostarczyć rozrywkę na najwyższym poziomie.