Ekranizacja drugiej części cyklu Jana Brzechwy. Nocą, w szpitalu, przy łóżku chorego chłopca pojawia się Pan Kleks, by opowiedzieć mu o swojej niezwykłej podróży. Opowieść zaczyna się w Klechdawie, stolicy Bajdocji, gdzie na Wielki Konkurs Bajek ze wszystkich stron ściągają bajkopisarze. Niestety, wskutek intrygi wroga królestwa, Wielkiego Elektronika, zniszczona zostaje beczka atramentu, którym spisane miały być konkursowe utwory. Król Bajdocji prosi więc o pomoc Pana Kleksa. Czarodziej wraz z załogą okrętu „Apolinary Baj” rusza na poszukiwania złóż atramentowych, odwiedzając w trakcie wyprawy podwodne królestwo Aby, Półwysep Aptekarski i opanowaną przez Wielkiego Elektronika Wyspę Wynalazców.