Tytułowe żółwie: Leonardo, Rafael, Michael Angelo i Donatello, to młodzi adepci ninjitsu – pradawnej sztuki walki. Ich mistrz szczur o imieniu Splinter stara się nie tylko nauczyć swych podopiecznych walki wręcz, ale przede wszystkim wpoić swoim podopiecznym czym jest honor, cierpliwość i praca nad sobą. Pomiędzy treningami żółwie lubią spędzać czas jak typowe nastolatki, a ich ulubionym daniem jest pizza.